CSと日本シリーズを一緒にして、

〈セ２位×セ３位〉の勝者×パ１位　→ A
〈パ２位×パ３位〉の勝者×セ１位　→ B
A×B → 勝者が日本一

or

〈パ２位×セ３位〉の勝者×セ１位　→ A
〈セ２位×パ３位〉の勝者×パ１位　→ B
A×B → 勝者が日本一

ってのはどう？
そもそも、ペナントレースでリーグ覇者を決めておいて、
もう一度、CSでリーグの代表を決めるから、おかしくなると思う。
これなら、CSでリーグの代表を決めると言う意味がなくなるから。

ただ、これだとA×Bが同一リーグの対戦になる可能性があるけど、
日本一を決める意味では、それはあまり関係ないと思うし。